Guerra Civil 1891
La contienda fratricida de 1891, encontraría al Ejército, por su natural y doctrinaria distancia con respecto a la política, alejado de las dos tesis en pugna y no se involucró durante la larga lucha entre el Ejecutivo y el Legislativo, previas al inicio del conflicto armado. Una vez detonado éste, la gran mayoría del Ejército, consecuente con la doctrina institucional y su respeto a la Constitución, no dudó en ponerse junto al Presidente Balmaceda.
Terminado el conflicto y establecido el nuevo Gobierno, el 2 de enero de 1892 se materializó legalmente la existencia de dotaciones de paz que dieron la estructura del Ejército, fijándose su dotación en 6.000 plazas. También el Gobierno, convencido de la importancia del Servicio Militar Obligatorio, encargó el 2 de febrero de 1899 la redacción de un proyecto de ley, que luego de algunas modificaciones, se convirtió en Ley de Reclutas y Reemplazos del Ejército y la Armada, siendo promulgada en septiembre de 1900.